и что за VR1 78033 что это? на что можно заменить.

Стабилизатор на 3,3 вольта.

а что за микросхема 74hc244 
https://www.chipdip.ru/product/74hc244d
https://www.chipdip.ru/product/74hc244n
какая из них?

Это одна и та же микросхема, только в разных корпусах. Для этой печатной платы нужна в ДИП корпусе.

Программа легко запустилась на Virtual PC - Windows XP mode в Windows 7 x64. (копернуть только дллку). Но мне нужен COM порт (

vr1 какой использовали? Маркировку подскажите а то не могу найти.Так чтоб был в продаже.

Подскажите, можно ли через эту программу прошить MX25L4005. Спасибо.

Можно, я лично прошивал такую.

Запустилась только в режиме совместимости с Windows95 или 98 с правами администратора.
Проверить функционал не могу - нет порта LPT.

На Windows7-8 х64 не работает.

Попробуйте скопировать файл io.dll в системную директорию. Обычно, это:
Для Windows 95/98/Me - C:\Windows\System
Для Windows NT/2000 - C:\WINNT\System32
Для Windows XP, Vista, 7 - C:\Windows\System32
Если Вы используете 64-bit версию Windows, скопируйте файл io.dll в C:\Windows\SysWOW64\
Если проблема сохраняется, попробуйте следующее: откройте меню Пуск и выберите пункт “Выполнить”. Введите CMD и нажмите Enter (или если вы используете Windows ME, наберите COMMAND). Введите regsvr32 dlportio.dll и нажмите Enter.
У меня нет 64-ОС, проверить не могу...